Uttalelsene til to TV-kanaler mandag viser tydelig at det ikke vil bli noen forsoning med den islamistiske gruppen som fikk Mohamed Mursi valgt som president i 2012.
Tidligere forsvarssjef Sisi er soleklar favoritt til å vinne presidentvalget i slutten av måneden.
Den eneste som tar opp kampen mot den mektige feltmarskalken er Hamdeen Sabahi, som leder den venstreorienterte alliansen Folkestrømmen.
Avsatt av befolkningen
I juli i fjor ble Mursi avsatt av hæren under ledelse av Sisi etter omfattende demonstrasjoner mot presidenten. Brorskapet er siden det blitt forbudt og stemplet som terrororganisasjon. Bevegelsens ledere er arrestert og over 1.400 tilhengere er drept i gatekamper.
På spørsmål om brorskapet nå er ferdige i Egypt, svarer Sisi:
– Det var ikke jeg som sørget for det. Det var det Egypts befolkning som gjorde.
Intervjuet er det første han gir etter å ha kunngjort at han stiller som presidentkandidat.
Ingen rolle
I første del av det intervjuet, som var gjort i opptak, insisterte Abdel Fattah al-Sisi på at han ikke er militærets kandidat, og at militæret ikke vil få noen rolle i styret av landet om han blir valgt til president.
Bortsett fra Mursi har alle Egypts presidenter hatt en fortid i militæret, inkludert Hosni Mubarak som ble styrtet tidlig i 2011.
Sisis eneste motkandidat 26. og 27. mai, Hamdeen Sabahi, har gjentatte ganger uttrykt bekymring for at Egypt er på vei tilbake til det autoritære regimet under Mubarak.
Den siste tiden har en rekke ledere for opposisjonsgruppene som ledet demonstrasjonene mot Mubarak, blitt arrestert for å organisere nye protester.
To attentatforsøk
Få er i tvil om at Sisi vil vinne valget og at Egypt nok en gang vil få en leder fra de militæres rekker.
Kritikerne anklager ham for brudd på menneskerettighetene, blant annet i årene da han ledet Egypts militære etterretningstjeneste under Mubarak.
Den neste presidenten vil uansett stå overfor en økende trussel fra militante islamister, som siden Mursi ble styrtet har gjennomført hundrevis av angrep mot sikkerhetsstyrkene.
I intervjuet mandag opplyste Sisi at det er blitt gjennomført to forsøk på å drepe ham.