Nobelprisvinneren har vært gjennom flere rettssaker etter at han ble oppsagt, men har tapt hver eneste runde.
Yunus ble i 2006 tildelt Nobels fredspris for sitt arbeid med å gi fattige bangladeshere mikrolån til å starte opp egen virksomhet.
- Les også: Yunus tapte i høyesterett
Myndighetene i Bangladesh mener Yunus nå er blitt for gammel til å lede banken, ettersom han har passert den allmenne pensjonsalderen.
Yunus sa fredag at han går av for å hindre negative følger for bankens virksomhet.
70-åringen overlater nå toppstillingen i banken til visedirektør Nurjahan Begum.
- Les også: Yunus får ikke beholde jobben
Bankens ansatte og styremedlemmer sier de er blitt banket opp og truet med represalier hvis de uttrykte støtte til Yunus’ kamp for å bli værende i stillingen.