Galizia ble drept av en bilbombe 16. oktober.
De tre siktede mennene, som ifølge AFP alle er i 50-årene, erklærte seg ikke skyldig i et rettsmøte tirsdag.
I tillegg til selve drapshandlingen, er mennene siktet for besittelse av eksplosiver, for å ha konstruert bomben og for å ha deltatt i organisert kriminell virksomhet.
Gravende journalist
Galizia var en fremtredende offentlig person som drev undersøkende journalistikk, og brukte bloggen sin til å avsløre kriminalitet og korrupsjon i den lille øystaten i Middelhavet.
Tidligere i år beskyldte hun kona til statsminister Joseph Muscat, Michelle Muscat, for å ha opprettet et stråselskap og gjemt unna penger i skatteparadiset Panama.
- Les også:
Oppkaller presserom etter Galizia
Samme dag som Galizia ble drept, uttalte Muscat at han lovte å finne de skyldige.
– Alle vet at Caruana Galizia var en skarp kritiker av meg, både politisk og personlig, men ingenting kan rettferdiggjøre en slik barbarisk handling, het det i kunngjøringen.
EU-parlamentet reagerte sterkt på drapet, og krevde grundig etterforskning.
EU-parlamentarikerne besluttet også å ære den drepte journalisten ved å oppkalle presserommet sitt etter henne.