NATO-soldater har rykket inn for å stabilisere situasjonen og har tatt over kontrollen ved to omstridte grenseposter i det serbiskdominerte Nord-Kosovo.
Den fredsbevarende styrken KFOR betegnet fredag situasjonen som «rolig, men ikke sikker».
Handelsboikott trådt i kraft
Thaci gjorde det fredag klart overfor Kosovos regjering at handelsboikotten av serbiske varer nå har trådt i kraft ved alle grenseposter.
Tiltaket skal være et svar på den serbiske boikotten av kosoviske varer som har vart i tre år.
– Den skal vare så lenge Serbia ikke endrer sitt standpunkt overfor staten Kosovo, sa Thaci.
Uroen brøt ut etter at politiet i Kosovo mandag forsøkte å ta kontroll over de to grensepostene, som ligger mellom Serbia og det serbiskkontrollerte området nord i Kosovo.
Forholdet mellom Serbia og Kosovo er siden blitt betydelig mer spent.
Angrep med molotovcocktails
Onsdag tente maskerte serbere på grenseposten i Jarinje. Et øyenvitne forteller at flere titall maskerte menn, væpnet med blant annet brekkjern, køller, økser og molotovcocktails var med på angrepet.
Kosovo, som er befolket av 90 prosent etniske albanere, erklærte seg som selvstendig stat i 2008, mer er ikke anerkjent av Serbia.
60.000 serbere bor i det nordlige Kosovo og anser fortsatt Beograd som sin hovedstad.