Obama og Netanyahu holdt en felles pressekonferanse etter at de to hadde hatt samtaler i Israel torsdag ettermiddag.
Forholdet til Israels naboland Syria, og særlig tirsdagens rapporter om mulig bruk av kjemiske våpen var et av temaene.
Obama sa at den amerikanske administrasjonen ville granske grundig om det syriske regimet har brukt kjemiske våpen.
– Når det gjelder kjemiske våpen skal vi undersøke grundig hva som skjedde. Vi skal forsikre oss om at vi vet nøyaktig hva som skjedde, sa president Barack Obama.
Den amerikanske presidenten ville ikke si noe om hvilke spesifikke tiltak USA kunne sette i verk dersom det ble bekreftet at det syriske regimet hadde brukt kjemiske våpen, men gjorde det klart at det ville få konsekvenser.
– Vi holder Syria ansvarlig for enhver bruk av kjemiske våpen mot sivile. Vi har gjort det klart overfor Syria at bruk av kjemiske våpen vil endre spillereglene, sa Obama.
Har fortsatt tid med Iran
Også spørsmålet om Irans atomprogram ble tatt opp på pressekonferansen.
– Iran er et felles problem for oss og i dagens møter har vi hatt samtaler for å forsikre oss om at vi ser på problemet på samme måte, sa Obama.
Den amerikanske presidenten sa klart fra om at han mener at tiden ikke er inne til å angripe Iran ennå.
– Vi har fortsatt tid til å finne diplomatisk løsning med Iran, sa han.
Samtidig gjorde han det klart at USA om nødvendig vil bruke alle midler for å stoppe Iran fra å få kjernefysiske våpen.
– Vi vil gjøre det som er nødvendig for å forsikre oss om Iran ikke får kjernefysiske våpen, sa president Barack Obama.
Også Netanyahu, som tidligere har hintet om å angripe Iran i løpet av få måneder, sa at det Iran ennå ikke hadde utviklet atomvåpen.
– De har ennå ikke nådd den røde linjen som jeg har beskrevet før, men de nærmer seg. Hver dag som går kommer de nærmere målet sitt, sa statsminister Netanyahu.
Artikkelen fortsetter under bildet.
Første møte i Israel
Det var tiende gang de to statslederne møttes etter at president Obama ble innsatt i januar 2009, men alle de tidligere møtene har vært i USA.
- Les også:
Under tidligere felles pressekonferanser mellom de to i USA, har Netanyahu uttalt seg med en klar brodd mot Obama, men ved kveldens pressekonferanse var tonen bare hjertelig.
– Israel har ingen bedre venn enn USA, sa statsminister Benjamin Netanyahu.
Han trakk spesielt frem at han og Obama var enige om å starte forhandlinger med sikte på å inngå en tiårig forsvarssamarbeidsavtale mellom de to landene.
Den israelske statsministeren tok til orde for nye og betingelsesløse mellom Israel og de palestinske selvstyremyndighetene.
– Israel går fortsatt inn for løsningen med to stater for to folk, sa Netanyahu.
Også president Obama sa at USA går inn for en tostatsløsning, men når det gjaldt detaljer viste han i stor grad til talen han etter planen skal holde til israelske studenter torsdag.
Artikkelen fortsetter under bildet.
Reiser til Palestina torsdag
Obamas besøk fortsetter torsdag morgen med et museumsbesøk i Jerusalem.
Deretter reiser han til Ramallah på Vestbredden for å ha samtaler palestinernes president Mahmoud Abbas.
- Les også:
På ettermiddagen torsdag skal Obama holde en tale til israelske studenter, en tale som på forhånd er sagt å være høydepunktet under besøket i Israel.
Artikkelen fortsetter under bildet.
Utenriksministeren tilbake til Israel
Obama forlater Israel fredag og reiser da videre til Jordans hovedstad Amman.
I dag ble det kjent at USAs utenriksminister John Kerry etter at å dømme reiser tilbake til Israel allerede dagen etter.
– Utenriksminister Kerry vil sannsynligvis møte statsminister Netanyahu lørdag for å vurdere resultatene av presidentens besøk etter at han har vært i Ramallah og Amman, sa en representant for USAs utenriksdepartement til nyhetsbyrået AFP i Washington onsdag.
Grunnen til endringene i Kerrys planer er trolig at han vil være raskt med å bygge videre på det som måtte komme ut av Obamas politiske samtaler under besøket.
Utenriksminister Kerry kom til Israel tirsdag og har sagt han vil forsøke å få i gang fredsprosessen som brøt sammen i 2010.