Bombeflyene gikk til angrep på JEM nær landsbyen Muhajiriya, der en annen opprørsgruppe som har skrevet under på en fredsavtale med myndighetene, holder til.
JEM har ikke skrevet under på fredsavtalen.
– Vi angrep opprørerne for å beskytte livene til de sivile, sier talsmann for hæren Sawarmi Khaled.
Det er sjelden hæren innrømmer at den bruker bomber mot opprørernes stillinger i den krigsherjede regionen vest i Sudan. Ifølge fredsavtalen fra 2006 er det forbudt å bruke slike våpen.
Onsdag sammenlignet Sudans president Omar al-Bashir den nærmere seks år lange konflikten med krigene i Irak, Afghanistan og Gaza.