Båten ble kapret i Indiahavet 24. februar.
Ifølge det danske nyhetsbyrået Ritzau mottok marinen et nødsignal fra båten med barnefamilien om bord, og satt straks i gang en undersøkelse.
Ber om varsomhet i omtalen
Alle de pårørende er informert om hva som har skjedd.
I tillegg til foreldrene til de tre barna er det to medhjelpere om bord i båten. Alle er danske. Ifølge utenriksdepartementet er barna i alderen 12- 16 år.
Danske myndigheter oppfordrer mediene om å være varsomme i saken. Hensynet til sikkerheten til de bortførte gjør at utenriksdepartementet ikke ønsker å gi flere opplysninger om saken.
Ukjent hvor i Indiahavet
I kunngjøringen om kapringen mandag ble det ikke sagt noe om hvor i Indiahavet båten ble kapret. Men Ritzau påpeker at seilere i disse farvannene ofte legger turen forbi øygruppen Seychellene.
Flere dansker har i de senere årene vært holdt som gisler av somaliske pirater. I 2007 ble fem danske sjøfolk hold som gisler i 83 døgn om bord i det kaprede lasteskipet Danica White.
De ble først satt fri etter at rederiet hadde betalt et millionbeløp i løsepenger.
– Jeg er naturligvis svært bekymret for danskenes situasjon, og jeg vil gjerne uttrykke min store medfølelse med de på båten og med de pårørende, sier utenriksminister Lene Espersen i en uttalelse på departementet nettsider.