Ifølge palestinske sikkerhetskilder ødela stridsvognene, som ble støttet av ild fra kamphelikoptere, huset til en ettersøkt palestiner.
Deir al-Balah ligger like ved en jødisk bosetting.
Jakter på palestinere
Den israelske hæren har flere ganger de siste ukene rykket inn i palestinske byer i jakten på militante palestinere.
Ifølge israelsk radio arresterte israelsk politi like etter midnatt to medlemmer av gruppen Tanzim i Ramallah på Vestbredden.
Gruppen knyttes til den palestinske presidenten Yasir Arafats Fatah-bevegelse.