Kjennelsen innebærer også at aktivister som har jobbet for organisasjonen og andre som har gitt bidrag til dem, kan straffeforfølges og fengsles. Til og med folk som bare har delt gruppens materiale, kan straffes.
Aleksej Navalnyj var raskt ute og kommenterte kjennelsen på Instagram. Han skriver at de ikke vil gi opp kampen, men at de må endre måten de jobber på.
– Vi gir ikke slipp på våre mål og ideer. Dette er vårt land og vi har ikke noe annet, sier han.
Talsperson for aktoratet, Aleksej Zjafyjarov, sa etter at kjennelsen var klar at organisasjonene ikke bare har formidlet informasjon som har oppmuntret til hat og fiendskap mot myndighetspersoner, men også har gjennomført ekstremistiske handlinger, skriver AFP.
Det var byretten i Moskva som i dag startet behandlingen av saken der de skulle vurdere om organisasjonene til opposisjonspolitiker Aleksej Navalnyj skulle komme i samme gruppe som terrororganisasjonene IS og Al Qaida.
Etter ti timen i retten, var kjennelsen klar onsdag kveld. Den innebærer også at medlemmer og støttespillere ikke kan stille til valg.
Dette er første gang domstolen har brukt en lov som helt nylig ble vedtatt av det russiske parlamentet.
Bøter og ti års fengsel
Det kan bli forbudt å gi Navalnyjs organisasjoner penger, dele informasjon om dem på sosiale medier og bruke symbolene deres på noen måter. De som bryter de nye reglene, kan straffes med bøter og fengselsstraffer på inntil ti år.
Russiske myndigheter har sagt at demonstrasjonene som ble holdt tidligere i år i Moskva og mange andre russiske byer, var ulovlige. Det ble satt inn svært store politistyrker, og om lag 11.000 personer ble arrestert.
Nå ser det ut til at demonstrasjonene som ble holdt den 21. april kan være opposisjonens siste store protestmarkering.
Det er også vanskelig å se hvordan arbeidet med å avsløre korrupsjon på toppen i det russiske samfunnet skal kunne fortsette når påtalemyndigheten har fått medhold i retten.
Slutten for Navalnyjs opposisjon?
Russiske politiske kommentatorer har regnet med at domstolen vil støtte myndighetene i kravet om å stemple opposisjonens organisasjoner som ekstremistiske.
Det er ulike meninger om opposisjonen kommer til å spille en rolle i Russland i tiden som kommer.
– Nei, dette er ikke slutten. Det er en del av kampen under krigen, sier forskeren Aleksandr Kynev til NRK.
Han mener at de som har arbeidet for Navalnyj ute i regionene ikke blir borte. Ifølge Kynev har de regionale lederne blitt betydningsfulle politikere som kommer til å fortsette å prege politikken.
Kommentatoren understreker at det som nå skjer er et hardt slag mot opposisjonen. Men han regner med at mye av det videre arbeidet kommer til å skje på internett.
– Organisasjoner tilintetgjort
Andre kommentatorer er mer pessimistiske på opposisjonens vegne.
– Jeg tror at organisasjonene til Navalnyj, inkludert Fondet for kamp mot korrupsjon, slutter å eksistere i juridisk forstand. Organisasjonene blir fullstendig ødelagt, de blir tilintetgjort, sier forskeren Giorgij Fjodorov til NRK.
Han viser til at all støtte til disse organisasjonene blir forbudt og straffbart.
Fjodorov tror at vestlige lands reaksjoner på det som nå skjer kan komme til å få betydning.
Men han regner med at det vil komme mange støtteerklæringer til Navalnyj, uten at det vil bli satt inn sterke politiske tiltak mot russiske myndigheter.
Fjodorov mener at det er farlig når spesielt unge mennesker ikke får representert sine interesser på lovlig vis i parlamentet eller andre organer.
– Etter min mening går myndighetene altfor langt når de strammer til for alle, understreker kommentatoren.
Kan bli et vanskelig tema på toppmøtet
President Vladimir Putin skal møte sin amerikanske kollega Joe Biden i Genève onsdag i neste uke.
At Navalnyjs organisasjoner nå er stemplet som ekstremistiske, kan bli et sentralt og vanskelig tema på toppmøtet.
Biden har på forhånd sagt at han kommer til å ta opp menneskerettighetene i Russland med Putin.
Dette er et tema som den russiske presidenten misliker å snakke om. Han har på forhånd sagt at han er klar til å slå tilbake med kritikk av amerikanernes manglende rettigheter på dette området.
Russiske kommentatorer sier at mye snakk om menneskerettigheter kan komme til å ødelegge stemningen på toppmøtet.
En mer autoritær stat
Da Aleksej Navalnyj kom tilbake til Russland tidligere i år, etter å ha blitt behandlet for forgiftning på et sykehus i Berlin, ble han arrestert på flyplassen i Moskva.
Bare et par dager senere offentliggjorde hans medarbeidere en film der president Vladimir Putin blir anklaget for å være den egentlige eieren av et stort slott og eiendommer ved Svartehavet.
I løpet av kort tid hadde filmen blitt sett av mer enn 100 millioner mennesker.
– Navalnyj har med sine korrupsjonsavsløringer påført Putins omdømme et kolossalt tap, sier forsker Kynev.
Hans kollega mener at presidenten fortsatt styrer samfunnet med fast hånd.
– Putin holder kontrollen over sikkerhetsstyrkene, det administrative apparatet og de politiske partiene, påpeker forsker Fjodorov.
Han mener at hele styresystemet er organisert ganske effektivt for at presidenten skal sitte med makten svært lenge.
Kommentatoren mener det er et problem at mange russere klager på myndighetene når de sitter hjemme på kjøkkenet. Men når valgdagen kommer, drar mange på tur istedenfor å stemme mot regjeringspartiet Forent Russland.
Oppslutningen om partiet er nå under 30 prosent på uavhengige meningsmålinger.
Men president Putins oppslutning ligger fortsatt på over 60 prosent, noe som er svært høyt i internasjonal sammenheng.