Ramos Horta ligger nå i kunstig koma og respirator på et sykehus i Australia, og tilstanden hans skal være kritisk, men stabil.
Legene sier de tror han vil bli helt frisk, melder AFP.
Attentatmannen Alfredo Reinado, som var leder for en gruppe soldater som gjorde opprør i 2006, ble drept av Ramos Hortas livvakter. En av livvaktene ble også drept.
Ramos Horta ble straks etter attentatet fraktet til et australsk militærsykehus i Dili og lagt på operasjonsbordet der han ble operert for to skuddsår i magen, opplyste utenriksminister Zacarias da Costa.
Australias statsminister Kevin Rudd sa at det virket som han var alvorlig såret, og at han skulle flys til Darwin i Australia for videre behandling.
Han sa også at Australia sender ekstra styrker til Øst-Timor for å hjelpe til å stabilisere situasjonen.
Angrep statsministeren
Angrepet skjedde da det ble løsnet skudd fra to biler som passerte Ramos Hortas hus i utkanten av Øst-Timors hovedstad Dili i 6-tiden om morgenen. Livvaktene returnerte straks ilden, opplyste talsmann Domingos da Câmara.
En times tid etterpå var det også et mislykket angrep mot boligen og bilkortesjen til statsminister Xanana Gusmão. Hans sjåfør ble såret, og rutene i bilen ble skutt ut. Opprørssoldatene hadde kontrollen over huset en kort stund, men ble slått tilbake.
Gusmão kalte attentatforsøket et angrep på staten og ba befolkningen holde seg i ro og ikke spre falske rykter. Han sa at alt var rolig og at situasjonen var under kontroll.
Noen observatører advarte imidlertid mot mulig uro som følge av attentatet og at Reinado ble drept.
Deserterte
Reinado, som tidligere var sjef for militærpolitiet, var etterlyst og siktet for drap i forbindelse med flere vilkårlige skyteepisoder under et soldatopprør han ledet i april og mai 2006.
37 mennesker ble drept og 155.000 mennesker ble drevet fra sine hjem før desertørenes opprør ble slått ned ved hjelp av utenlandske styrker.
Uroen fortsatte imidlertid, og Reinado og en gruppe væpnede menn holdt seg i skjul i jungelen.
Så sent som i november i fjor truet Reinado med å bruke makt mot myndighetene om de ikke innfridde en rekke krav opprørssoldatene hadde stilt. I forrige uke skjøt noen av hans menn mot australske soldater.
Ramos Horta byttet jobb med statsminister Xanana Gusmão da han i 2006 ble valgt til president, mens Gusmão tok over statsministerstillingen.
Nobelprisen
Ramos Horta fikk Nobels fredspris i 1996 sammen med biskop Carlos Felipe Ximenes Belo for rollen de to spilte under den ikke-voldelige motstandskampen mot indonesisk styre i den tidligere portugisiske kolonien.
Øst-Timor fikk sin selvstendighet i 2002 etter at internasjonale styrker under ledelse av Australia ble sendt til landet i 1999 da de indonesiske styrkene ble trukket tilbake, 24 år etter at Indonesia tok kontroll over området.
De 900 australske soldatene som er i landet i dag, utgjør brorparten av de 1.700 internasjonale fredsstyrkene som ble sendt tilbake til Øst-Timor for å gjenopprette ro og orden etter kaoset i 2006.