Kuppleder Moussa Dadis Camara fester dermed grepet om makten.
Statsminister Ahmed Tidiane Souare og rundt 30 andre medlemmer av regjeringen møtte torsdag opp ved en av militærets barakker og overga seg til Camara og resten av militærjuntaen.
– Vi står til din disposisjon, sa statsministeren i en radiotale hvor han omtalte kupplederen som «herr president».
Den nye statssjefen lover at regjeringsmedlemmene ikke har noe å frykte, og oppfordrer dem til å samarbeide med landets nye ledere.
– I går var det dere som hadde makten. I dag er det vår tur, sa Camara under et møte torsdag hvor journalister fikk være til stede.
USA fordømmer kuppet
Souare valgte å overgi seg etter å ha fått en frist på 24 timer til å melde seg på en av landets militærbaser. Hvis ikke truet kuppmakerne med å sette i gang en landsomfattende ettersøkning.
Camara, som fram til nå har vært kaptein i hæren, hevder at befolkningen i Guinea støtter ham. Flere tusen møtte da også fram i hovedstaden Conakry for å hylle ham julaften, etter at juntaen hadde utpekte ham til president.
Reaksjonene fra utlandet har likevel vært negative. Frankrikes president Nicolas Sarkozy ba torsdag om at det i løpet av kort tid må holdes demokratiske valg med utenlandske observatører til stede.
Han uttrykte håp om et fredelig maktskifte i Guinea, som tidligere var fransk koloni.
Myndighetene i USA er heller ikke fornøyd med kuppmakernes løfte om å holde valg i 2010.
– Amerikas forente stater fordømmer militærkuppet i Guinea, heter det i en uttalelse skrevet på fransk og offentliggjort av USAs ambassade i Conakry.
Amerikanske myndigheter krever dessuten at det «umiddelbart» innføres sivilt styre i det vestafrikanske landet med rundt 10 millioner innbyggere.
Store naturressurser
Det politiske kaoset i Guinea oppsto da den mangeårige diktatoren Lansana Conte (74) døde mandag. Conte kom selv til makten i et militærkupp 1984 og styrte siden et undertrykkende militærregime.
Guinea har rike mineralreserver, blant annet rundt halvparten av verdens forekomster av bauksitt, som brukes til å produsere aluminium. I tillegg har det vestafrikanske landet forekomster av gull, diamanter og jernmalm.
Til tross for naturressursene har økonomien gradvis forverret seg, og Guineas innbyggere er i dag blant de fattigste i verden.