Talsmenn for skolemyndighetene i landet begrunner forbudet med at barna skal beskyttes mot religiøs påvirkning.
– Vi er en sekulær stat. Barna er under massivt press og vi vil beskytte dem, sier utdanningsminister Damira Kudaibergenova.
– Når valget står mellom utdanning og skaut, velger vi utdanning, sier hun.
Den tidligere sovjetrepublikken Kirgisistan anklager islamistiske grupper for å planlegge kupp, og myndighetene har pågrepet og dømt en rekke personer for «islamistisk ekstremisme.»
Misnøyen med regjeringen er økende, blant annet som følge av energimangel og effekten av den globale finanskrisen.