Offiseren var oberstløytnant, heter det i en uttalelse fra forsvaret.
På libanesisk side ble fire personer drept i tirsdagens sammenstøt med israelerne, som en israelsk militærsjef kaller en engangshendelse.
LES OGSÅ:
Skytingen startet etter at israelske soldater forsøkte å fjerne et tre som libaneserne hevder sto på deres side av grensen. De brukte en traktor for å dra treet opp med roten, fordi det hindret soldatenes utsyn mot den libanesiske stillingen.
Israelerne hevder at de hele tiden var inne på israelsk område.
- Våre soldater skjøt varselskudd, og israelerne svarte med granater, sier den libanesiske sikkerhetskilden.
Gir hverandre skylden
Israel vil klage Libanon inn for FNs sikkerhetsråd for brudd på FN-resolusjonen som gjorde slutt på krigen mellom Hizbollah og Israel i Sør-Libanon i 2006.
Libanon beskylder Israel for brudd på den samme resolusjonen.