Blant de drepte er både sivile, deriblant to barn, og medlemmer av de væpnede gruppene.
Sammenstøtene skjedde i landsbyen Esmeralda, på grensen til Ecuador, onsdag. Mange av de 500 beboerne i landsbyen flyktet unna kampene.
FARC og AUC kjemper om kontrollen over de store kokainplantasjene i regnskogsområdet.
AUC har inngått en avtale med regjeringen om å legge fra seg våpnene og delta i fredsprosessen. De skal etter planen oppløses innen utgangen av året.
Men sammenstøtene og kampene om narkotikahandelen fortsetter.