Menneskerettsorganisasjonen har gransket over 30 forsvinningssaker, og blant dem er det både politiske aktivister og folk med antatte bånd til opprørerne.
– Det synes å være en systematisk politikk å pågripe enhver som mistenkes for å være i opposisjon til Muammar Gaddafis styre, holde dem isolert fra omverdenen og flytte dem til områder lengst vest i landet der han står sterkt, sier Malcolm Smart.
Smart leder Amnestys virksomhet i Midtøsten og Nord-Afrika og er redd for hva som kan komme til å skje med fangene.
– Det er all grunn til å tro at disse personene risikerer tortur og mishandling, sier han.
Det er også flere mindreårige blant dem som har forsvunnet i Libya de siste ukene, slår Amnesty fast.
Ni menn og unge gutter, fire av dem under 18 år gamle, forsvant etter å ha oppsøkt forlegningen til den libyske spesialstyrken Kateeba al-Fadheel i Benghazi, samme dag som opprørerne tok kontroll over byen.
Amnesty ber Gaddafi stanse bortføringen av motstandere og beordre sine styrker å respektere folkeretten. De slår samtidig fast at den libyske lederen kan bli stilt til ansvar for overgrep begått av egne styrker.
FN har bedt Den internasjonale straffedomstolen (ICC) vurdere om det skal reises tiltale om forbrytelser mot menneskeheten mot Gaddafi.
Les også:
Les også: