Catalán ble funnet i en grunn grav i Kasai-provinsen sammen med sin mannlige amerikanske kollega, Michael Sharp, og fire kongolesere.
Svensk UD sier de pårørende til den tidligere ungdomspolitikeren og juristen er varslet.
– Det er med sorg og forskrekkelse jeg har mottatt beskjeden om at Zaida Catalán mistet livet i Kongo, sier statsminister Stefan Löfven i en uttalelse.
De FN-ansatte var i området for å intervjue folk og kartlegge brudd på menneskerettigheter i Kasai-provinsen.
Sveriges Radio melder at Catalán, Sharp og deres kongolesiske tolk, Betu Tshintela, var på reise på motorsykkel da de ifølge øyenvitner ble stoppet av ukjente, bevæpnede menn på en bro.
Seks personer forsvant
– Provinsens politisjef har akkurat vendt tilbake fra området hvor likene av to FN-granskere ble funnet, sa Kongos kommunikasjonsminister Lambert Mende tirsdag.
Han sier en av de drepte hadde fått hodet skåret av. De ble funnet i en grunn massegrav i Kasai-provinsen, ifølge Kongos kommunikasjonsminister Lambert Mende.
Mende sier at også tolken deres ble funnet i den samme graven, men dette er ikke bekreftet fra FN eller annet hold.
De to FN-granskerne forsvant 12. mars sammen med fire kongolesere, inkludert tolken og en sjåfør.
Undersøkte menneskerettsbrudd
FN-ekspertene undersøkte anklager om vold og omfattende menneskerettighetsbrudd begått av den kongolesiske hæren og militsgrupper. Kongolesiske myndigheter har tidligere sagt at de to ble bortført av ukjente opprørere.
Det er første gang noensinne at FN-eksperter har forsvunnet i Kongo, ifølge Human Rights Watch.
– Jeg sender min dypeste kondolanser til deres familier, kjære og kolleger, sier FNs generalsekretær António Guterres i en uttalelse.
– Michael og Zaida mistet livet mens de forsøkte å forstå årsakene til konflikten og usikkerheten i Kongo, for å kunne bringe fred til landet og folket. Vi håper en grundig undersøkelse kan fastslå hvorfor de døde. Jeg oppfordrer kongolesiske myndigheter til å fortsette søket etter de fire kongoleserne som reiste sammen med våre kolleger. FN vil samarbeide i det videre søket.
39 politifolk drept
Deler av Kongo, spesielt øst i landet, har opplevd vold, uroligheter og krigshandlinger i flere tiår. Volden i Kasai-provinsen representerer en ny utvidelse av de mange konfliktene som herjer området.
28. mars endret det norske utenriksdepartementet sine reiseråd for Kongo og fraråder nå alle reiser til de østlige og sentrale provinsene i landet. Det frarådes også alle reiser til resten av republikken hvis de ikke er «strengt nødvendige».
Militsen Kamwina Nsapu har siden i fjor kjempet mot regjeringsstyrker i Kasai-området. Volden er blitt verre etter at sikkerhetsstyrker drepte lederen for militsgruppen i august. Over 400 personer er drept og over 200.000 drevet på flukt siden da.
Fredag ble 39 politimenn drept i et bakholdsangrep ved en landsby i området. Alle ble begravd i en massegrav.
