Det kreves en deltagelse på 33,34 prosent for at resultatet av folkeavstemningen skal bli godkjent.
Iurie Ciocan fra den sentrale valgkommisjonen opplyser om at valgdeltagelsen lå an til å bli på 29,67 prosent, ifølge nyhetsbyrået Reuters.
Dermed kan ikke avstemningen godkjennes.
Fortsatt mangler stemmene fra territoriet Transnistria og fra moldovere som jobber i Vesten, men kommentatorer sier disse trolig ikke vil øke prosentandelen nok.
Utfallet av avstemningen er et nederlag for den regjerende, vestvendte Alliansen for europeisk integrasjon. For kommunistene i opposisjonen, som ba folk la være å stemme, er utfallet en seier.
LES OGSÅ: Voronin gir frå seg makta