De dødsdømte skal ha gitt Israel informasjon som førte til at palestinske aktivister ble drept.
De to mennene skal ifølge palestinernes justisminister Freih Abu Meddein henrettes innen få dager.
Tre mennesker er henrettet av palestinske myndigheter siden 1994, da palestinerne fikk kontrollen over mesteparten av Gaza og deler av Vestbredden.