Eksplosjonen fant sted mens to kenyanske ministre var på besøk i hovedstaden for å diskutere Kenyas militære operasjon i landet, ifølge lokale medier.
– En selvmordsbomber med bil sprengte seg i lufta foran en bygning som huser utenriksdepartementet og planleggingsdepartementet, sier Mohamed Adam fra politiet i byen.
Butikkeier Farah Hussein sier han så tre døde kropper, inkludert det han antar var gjerningsmannen. Blant de drepte var ifølge ham en gateselger og en fotgjenger.
– Det er alltid travelt og mye trafikk i gata. Heldigvis var det ikke mange fotgjengere der da det skjedde, forteller butikkeieren.
Varselskudd
Også et annet vitne sier til Reuters at han så tre døde mennesker. Ambulanser evakuerte sårede og regjeringsstyrker skjøt varselskudd i lufta for å løse opp folkemengden som samlet seg i området hvor angrepet skjedde.
Omfanget av og skadene etter eksplosjonen var ikke umiddelbart kjent. Det er andre gang denne måneden at Mogadishu blir rammet av et selvmordsangrep.
4. oktober ble mer enn 70 mennesker drept da en lastebil med sprengstoff kjørte inn i en av regjeringsbygningene i Mogadishu. Den militante opprørsgruppen al-Shabaab tok på seg ansvaret for angrepet.
Kenyansk operasjon
Tirsdag skulle to medlemmer av Kenyas regjering ha møter med somaliske ministre, ifølge en talsmann for Somalias regjering. Møtene skal ikke ha funnet sted i den delen av hovedstaden hvor eksplosjonen skjedde tirsdag.
Regjeringen i Mogadishu har ennå ikke offisielt anerkjent at kenyanske soldater nå opererer mer enn 120 kilometer inn i landet. Kenyanske styrker krysset søndag grensen i et forsøk på å svekke de al-Qaida-inspirerte opprørerne. Kenya har sagt at de vil jakte på al-Shabaab, som de anklager for å ha bortført to spanske kvinner i landet.
Les: Al Shabaab truar med terror i Kenya
De fleste opprørerne trakk seg ut av Mogadishu i august, men lovet å utføre nye angrep mot den somaliske regjeringen