Det statlege fjernsynet melder at syrarane reagerte mot to israelske fly som kom inn over kysten av Syria, og at flya deretter forlet området.
Overflyginga var "ei aggressiv handling og uakseptabel provokasjon", heiter i rapporten.
Israelske styresmakter har skulda Hamas-leiaren Khaled Meshaal, som bur i Syria, for å stå bak bortføringa av ein israelsk soldat søndag.
Hamas-leiarar i eksil har sagt at dei ikkje hadde noko med kidnappinga å gjere.
Ein israelsk militær talsperson seier at flya flaug over slottet til den syriske presidenten Bashar al-Assad ved byen Latakia "fordi dei syriske styresmaktene støttar og skjular terroristleiarar".