Demonstrantene møttes først på en plass i Zagreb sentrum, og ropte «Ante, Ante», og slagord mot Kroatias statsminister, som de beskylder for å ha forrådt den tidligere generalen.
De marsjerte deretter mot en regjeringsbygning, som ble omringet av politifolk.
Demonstrantene klarte å knuse noen vinduer i bygningen før demonstrasjonen ble oppløst.
Krigsforbryter og helt
Ante Gotovina, som står høyt oppe på lista over etterlyste etter krigene i det tidligere Jugoslavia, ble pågrepet på den spanske øya Tenerife onsdag.
Han holdes fortsatt i varetekt i Spania i påvente av å bli utlevert til FNs krigsforbryterdomstol i Haag, melder BBC.
Gotovina er tiltalt for krigsforbrytelser som ble begått under den kroatiske regjeringsoffensiven mot serbiske opprørere i Krajina-regionen i august 1995.
Han har siden vært på flukt.
Har hindret EU-tilgang
Gotavina blir anklaget for omkring 150 drap på sivile, men mange kroater ser på eksgeneralen som en helt etter offensiven mot Krajina-serberne.
Det at generalen har vært på frifot, har hindret Kroatias adgang til EU.