Bergenseren fikk til finalens lengste kast på sitt nest siste forsøk (femte omgang).
Skagestad slo rumenske Alin Firfirica med 83 centimeter. Bronsen gikk til Clemens Prüfer fra Tyskland.
Den norske gullgutten innledet med 57.69 i første omgang, og fulgte deretter opp med 59.28 i andre, dødt i tredje, 57.88 i fjerde, 61.00 i femte før han avsluttet med et dødt kast.
Det var Norges fjerde medalje under U23-EM i polske Bydgoszcz, men dette er den første gullmedaljen.
Fredag tok Jonathan Quarcoo bronse på 100 meter, mens Karsten Warholm dagen etter løp inn til sølv på 400 meter. Beatrice Nedberge Llano sikret seg bronsemedaljen i slegge.