Tyskerens Ferrari-team opptrådte iskaldt under annet depotstopp og ventet ut Renault-teamet.
Det sørget for at Schumacher tok over ledelsen fra Giancarlo Fisichella med en spektakulær manøver på regnglatt underlag få runder før målgang.
- Jeg visste at den første svingen ville bli trøblete for Giancarlo. Flere førere, inkludert meg selv, hadde fått problemer der tidligere etter dekkskifte. Passeringen ble noe trang, men den situasjonen avgjorde løpet for oss, sa Michael Schumacher.
Samtidig begynte Alonso å kjøre styggfort bakfra etter et trøblete første depotstopp, der spanieren tapte verdifull tid på grunn av rot i teamet.
Den regjerende mesteren spiste sekunder på de siste rundene, men måtte til slutt nøye seg med annenplass, 3,121 sekunder bak erkerivalen.
Fisichella tok tredjeplassen, hele 44 sekunder bak. Firer ble Jenson Button i Honda.
Likt i VM
Seieren betyr at Schumacher hentet inn forspranget til Alonso i kampen om VM-tittelen.
Begge står med 116 poeng når to VM-runder gjenstår (Japan og Brasil).
- Et lite mirakel at vi er kommet dit hvis vi ser tilbake på sesongstarten, sa en strålende fornøyd Schumacher.