Hushovd tok teten i spurten 250 meter før mål, men holdt ikke helt inn.
Plasseringen var likevel hans beste i årets Tour.
Petacchi tok også over den grønne poengtrøya. Australieren Baden Cooke (FdJeux) ble nummer to, mens italieneren Farbrizio Guidi (Bianchi) ble treer.
Hushovds lagkamerat Stuart O'Grady og Anthony Geslin gikk i brudd allerede etter 35 kilometer og hadde på det meste en ledelse på 18 minutter.
Rykket fant sted like etter at Thor Hushovd forsøkte å stikke sammen med Euskaltel-rytteren Unai Etxebarria.
O'Grady støtet på direkten da Hushovd var hentet inn, og de to holdt teten helt til de ble tatt igjen 500 meter før mål på den 230 kilometer lange etappen.
Victor Hugo Pena fra Colombia beholder den gule ledertrøya.
Lørdag kjører Tour de France-feltet inn i Alpene, og da begynner favorittene sammenlagt å vise seg fram.
7. etappe går fra Lyon til Morzine og måler 226,5 kilometer. Søndag kommer en antatt nøkkeletappe opp til Alpe d'Huez.
Resultater
6. etappe, 225 km Nevers Lyon:
1) Alessandro Petacchi, Italia (Fassa Bortolo) 5.08.35,
2) Baden Cooke, Australia (FDJeux.com) s.t.,
3) Fabrizio Guidi, Italia (Bianchi) s.t.,
4) Thor Hushovd, Norge (Credit Agricole) s.t.,
5) Romans Vainsteins, Latvia (Vini Caldirola) s.t.,
6) Damien Nazon, Frankrike (Brioches) s.t.,
7) Sebastien Hinault, Frankrike (Credit Agricole) s.t.,
8) Gerrit Glomser, Østerrike (Saeco) s.t.,
9) Jurij Krivtsov, Ukraina (Jean Delatour) s.t.,
10) Luca Paolini, Italia (Quick Step) s.t.
Sammenlagt:
1) Victor Hugo Pena, Colombia (US Postal) 23.03.06,
2) Lance Armstrong, USA (US Postal) 0.01 min. bak,
3) Vjatsjeslav Jekimov, Russland (US Postal) 0.05,
4) George Hincapie, USA (US Postal) s.t.,
5) Jose Luis Rubiera, Spania (US Postal) 0.23,
6) Roberto Heras, Spania (US Postal) 0.27,
7) Pavel Padrnos, Tsjekkia (US Postal) s.t.,
8) Floyd Landis, USA (US Postal) 0.28,
9) Joseba Beloki, Spania (ONCE) 0.33,
10) Jorg Jaksche, Tyskland (ONCE) 0.38.
Norsk plassering: 35) Hushovd 1.39.
194 ryttere er fortsatt med.
Øvrige trøyer:
Grønn poengtrøye: 1) Petacchi 144, ... 4) Hushovd 100.
Rødprikket klatretrøye: 1) Christophe Mengin, Frankrike 20.
Hvit ungdomstrøye: 1) Vladimir Karpets, Russland (iBanesto.com) 23.04.17, ... 6) Hushovd 0.28.
Lag: 1) US Postal 66.32.30, 2) ONCE 0.49 min, bak, 3) Bianchi 0.51.
Rittet avsluttes i Paris søndag 27. juli.