Med eit hardt og presist skot etter 76 minuttar tangerte Messi Christiano Ronaldos mål-rekord i Meisterligaen - satt mot Juventus i går kveld.
Fire minutt etter dribla Messi seg åleine gjennom og tok tilbake rekorden som han mista til sin portugisiske rival.
Med ein herlig og ydmykande chip over den tyske keeperkjempen Manuel Neuer la argentinaren på til 2-0 i det som blei ein herleg og underhaldande fotballkamp på Camp Nou.
Dermed er han nok ein gang toppscorar i turneringa med 77 mål.
– Han er heilt enkelt ein spelar det er umuleg å beskrive. Du må berre sjå han i aksjon, seier Barcelona-lagkamerat Javier Mascherano.
På overtid la Neymar på til 3-0 då han sendte ballen enkelt i mål åleine med Neuer - og fiksa eit meget bra utgangspunkt for spanjolane før returoppgjeret i Tyskland tysdag i neste veke.
– Det var ein topp kamp av oss. Det må ha vært fantastisk å sjå på. Vi spelte ballen framover heile tida og prøvde å score mål.
– Vi fekk den første målet, og etter det klarte vi å finne nye rom. Vi har eit stort potensiale i kontringsspelet vårt. Vi fekk kampen inn i det sporet som vi ville. Det var ein god kamp av oss over heile linja, fortsetter Javier Mascherano i eit intervju vist på Viasat 4.
– Ein eksepsjonell kamp. Bayern hadde vel knapt et skudd på mål, seier midtstopparen Gérard Pique.
Artikkelen fortsetter under videoen.
Neuer god
Barcelona gjekk ut i eit vanvittig tempo i den første semifinalen, og det blei ein festaften mellom dei to gigantane.
Lionel Messi var i det sprudlande hjørnet, på jakt etter å ta den omtalte mål-rekorden.
.På sidelinja stod hans gamle sjef Pep Guardiola, som uttalte før kampen at Messi på sitt beste er umogleg å stoppe.
Katalanarane hadde ballen klart mest, trilla ballen som vanleg både hit og dit, og eigde kampen i første omgang.
Luis Suarez prøvde seg med eit skot etter seks minuttar, men det blei for svakt frå mannen frå Uruguay, og Manuel Neuer i Bayern-buret plukka enkelt opp ballen.
Etter 11 minuttar blei Suarez nikka fri av Messi og kom åleine gjennom etter at Bayern-forsvaret igjen opna seg opp.
Men Neuer viste igjen at han fortsatt er verdas beste mellom stengene. Beinparaden var av det fantastiske slaget, og Suarez reiv seg i håret.
Berre tre minutt etter fekk Barca nok ein stor mulegheit.
Dei tyske meistrane var nok ein gang ute av stand til å følge med på tempoet.
Denne gangen serverte Suarez Neymar framfor mål, men avslutninga gjekk like utanfor, via eit tysk bein.
Etter sytten minuttar vakna endeleg Guardiolas menn og produserte sin første store sjanse.
Men Robert Lewandovski kom for seint til å få foten på innlegget frå Thomas Müller.
Til slutt blei presset mot Bayern-målet så stort at Guardiola bestemte seg for omrokkere i forsvaret - til fire bak i staden for tre forsvarsspelarar.
Den tidlegare Barcelona-sjefen var tydeleg misnøgd med utviklinga i kampen og gestikulerte ivrig ved innbyttarbenken, mens ansiktet viste frustrasjon og tydeleg misnøye.
Men ein spelar kan den meriterte trenaren takke - og det er keeper Manuel Neuer.
Etter 38 minuttar trakk han nok ei kanonredning ut av den svære kroppen då Dani Alves blei spelt fri åleine gjennom.
Bayern betre i andre
Andre omgang heldt fram som den første - i eit stort tempo. Barcelona var ikkje like dominerande, men hadde fortsatt hadde dei største sjansane.
I tillegg hadde Guardiolas formasjonsendring gjort laget hans tettare og meir solide bakover.
Elleve minuttar ut i omgangen blei Messi spelt opp rett utanfor 16-meteren, men Neuer stod nok ein gang i vegen for skotet.
Men Neuer var ikkje berre god inne på streken. Kvarteret ut i omgangen var han ute på 20 meter og redda ein stor sjanse då han avklarte ballen like framfor beina til Neymar.
Og då det såg ut til at Bayern hadde fått litt kontroll på oppgjeret, dukka magiske Messi opp. Til og med to gangar.
Og på overtid sikra Neymar Barcelona eit fantastisk utgangspunkt då han sendte ballen enkelt i mål mellom beina på Manuel Neuer.