Nederlenderen misset ikke på en klar sjanse fra åtte-ni meter etter pause. Han bredsidet inn seiersmålet.
Tyskeren Schuster så lenge ut til å få en halvsvak åpning mot sine landsmenn.
Raul scoret med hodet etter 16 minutter. Da trodde mange på Bernabeu-stadion at den spanske storklubben hadde festet grepet.
Men Werder Bremen slo tilbake. I løpet av 93 sekunder var stillingen 1-1 etter Boubacar Sanogas frekke avslutning.
Real Madrid står med tre seirer av tre mulige i den spanske toppserien. Schuster overtok klubben i sommer. Nå sikter han også på europeisk suksess selv om åpningskampen aldri tok av.