Chelsea måtte avslutte kampen med ni mann og uten manageren på sidelinjen i 0-1-tapet for Aston Villa i Premier League lørdag.
Det er heller ikke første gang Chelsea har sett rødt med Foy som dommer.
Han har utvist seks Chelsea-spillere i løpet av åtte kamper.
Foreslår dommernekt
Mourinho sier han forsøkte å snakke med Foy etter kampen, men fikk ikke tak i ham. Portugiseren mener dommerforeningen må vurdere om Foy skal få dømme flere Chelsea-kamper.
– Kanskje vil det hjelpe hvis komiteen ikke sender ham til våre kamper. Jeg har ikke rett til å be om det, men jeg mener de må analysere situasjonen og se at det mange ganger er problemer når han har Chelsea. Jeg tror kanskje det vil være en god avgjørelse, sier Mourinho.
Han risikerer å bli både bøtelagt og utestengt av Englands Fotballforbund (FA) etter at han ble vist på tribunen.
Snakket om dommeren
Chelsea-manageren sier Foy var tema blant spillerne under oppkjøringen til Villa-kampen.
– Spillerne snakket om det i løpet av uken. De hadde god grunn. Jeg bryr meg ikke om hvem dommeren er. Men spillerne snakket om situasjonen, og jeg tror neste gang vi har Foy må jeg jobbe med folkene mine på en annen måte, forteller Mourinho.
Foy delte også ut to røde kort til Chelsea i kampen mot Queens Park Rangers i oktober 2011. Det oppgjøret er mest kjent for rasismesaken med John Terry.
Etter den kampen dømte Foy ikke Chelsea igjen på over ett år.