Treneren har undertegnet en treårskontrakt. Det bekrefter den tyske klubben onsdag ettermiddag.
Han overtar etter 68 år gamle Jupp Heynckes som trekker seg tilbake i juni.
– Vi er svært fornøyd med at vi klarte å hente fotballeksperten Pep Guardiola, som har vært ønsket og kontaktet av mange store klubber, sier Bayern-direktør Karl-Heinz Rummenigge til klubbens nettsted.
Varslet comeback
41-åringen har vært en av de mest ettertraktede trenerne i Europa etter at han trakk seg som trener for Barcelona i fjor. Han bor for tiden i New York med familien sin.
Men under tildelingen av «Gullballen»
– Jeg kommer tilbake neste sesong fordi jeg er ung. Jeg har levd det livet jeg har ønsket, og som familien min også har fortjent, sa han.
Guardiola førte Barcelona til 14 titler, derav to mesterligatitler, i løpet av de fire årene han trente det spanske topplaget.
– En av de mest suksessrike trenerne
Det var lenge spekulert i om han skulle havne i Premier League, men valget falt altså til slutt på de tyske mesterne, som vant mesterligaen i 2001.
De tapte imidlertid finaleoppgjøret mot Chelsea i fjor, og mot Inter året før. Med Guardiola på laget har tyskerne antagelig ambisjoner om en ny mesterligatittel.
Klubben leder for øyeblikket Bundesliga med ni poeng etter halvspilt sesong.
– Guardiola er en av de mest suksessrike trenerne i verden, sier Rummenigge.
–Vi er sikre på at Guardiola kan bringe stor glød ikke bare til Bayern München, men til tysk fotball generelt. Vi ser fram til å jobbe med ham fra juli 2013, legger han til.