Ibrahim Uzulmez scoret kampens eneste mål etter 44 minutter etter at Tor Egil Horn hadde gitt en unødvendig retur.
Kristoffer Paulsen var heller ikke heldig ved baklengsmålet. Dermed går tyrkerne videre til gruppespillet i UEFA-cupen med 2-1 sammenlagt.
27.000 tilskuere var møtt fram på Inonu i Istanbul der Besiktas var det beste laget uten å imponere nevneverdig.
Det ble ikke noen mål for John Carew mot Bodø/Glimt, men klubben hans gikk videre. (Foto: Scanpix)
John Carew ble byttet ut ved pause da Tumer Metin kom inn. Carew var anonym i de 45 minuttene han var på banen for tyrkerne. Etter halvtimen headet nordmannen utenfor.
Besiktas stilte med et noe redusert lag og John Carew led som følge av at lagets stjernespiller Sergen startet på benken.
Med 1-0 seieren får trolig Vicente del Bosque forlenget sin trenerkarriere i den tyrkiske klubben som har fått en trang start i den tyrkiske serien i høst.
Glimt kom seg noe mot slutten da de skapte et par muligheter, men det ville seg ikke for gultrøyene. Dermed er UEFA-cupeventyret over for denne gang.