Ifølge det tyske nyhetsbyrået DPA er det snakk om tvilsomme lønns- og bonusutbetalinger.
Undersøkelsene omfatter også ytterligere to tidligere FIFA-ansatte, den tidligere generalsekretæren Jerome Valcke og Markus Kattner.
De tre er mistenkt for forseelser som hører under kategoriene bestikkelser og korrupsjon.
De skal angivelig ha overtrådt regler for generell atferd, lojalitet, interessekonflikter, samt tilbudt og mottatt gaver og andre fordeler.
Ifølge en intern undersøkelse skal det dreie seg om beløp i størrelsesorden 79 millioner sveitserfranc, i underkant av 700 millioner norske kroner.
Blatter var president i FIFA fra perioden 1998 til 2015. Etter å ha blitt gjenvalgt i 2015, trakk han seg fra stillingen etter stort press.
Blatter er utestengt fra all fotball i seks år.
Jerome Valcke er utestengt i ti år.