Seriegullet var allerede sikret, men Xherdan Shaqiris frispark i det 35. minutt ordnet lagets 14. strake seier i serien.
Tre serierunder før slutt er Bayern oppe i 84 poeng, tre flere enn Borussia Dortmunds rekordfangst fra forrige sesong.
Jupp Heynckes tok ut et nesten helt nytt lag i forhold til det som slo Barcelona 4-0 sist tirsdag. Jerome Boateng var den eneste som startet begge kampene.
Lagkaptein Philipp Lahm, Bastian Schweinsteiger og Thomas Müller var ikke engang i troppen, mens reservebenken rommet stjerner som Manuel Neuer, Franck Ribéry, Arjen Robben, Mario Gómez, Dante og David Alaba.
Vegar Eggen Hedenstad på Freiburg-benken var altså i godt selskap.
Flere rekorder
Bayern ville satt poengrekord selv med uavgjort, men holdt i stedet liv i seiersrekken. Laget holdt også nullen for 20. gang på rad, rekord det også.
– Jeg visste at Freiburg ville gjøre det vanskelig for oss. Christian Streich har oppnådd sensasjonelle ting med det laget. Vi måtte jobbe hardt i dag, men vi spilte smart og profesjonelt, sa Heynckes.
Leverkusen er nesten sikret mesterligaspill etter å ha slått Werder Bremen 1-0. Gjestene spilte sin 10. strake kamp uten seier, og Thomas Schaaf sitter utrygt som trener, selv om han etter kampen fikk en tillitserklæring fra klubbledelsen.
Stefan Kiessling avgjorde for Leverkusen med et omstridt straffespark.
Rykket ned
For Greuther Fürth er håpet om å berge plassen definitivt ute etter at Augsburg slo Stuttgart 3-0. Tabelljumboen tapte selv 2-3 for Hannover fredag og er nå 12 poeng bak kvalifiseringsplassen med tre kamper igjen å spille.
Nestjumbo Hoffenheim tok en viktig seier med 2-1 over Nürnberg og er bare tre poeng bak Augsburg på kvalifiseringsplass.
Håvard Nordtveit og hans Borussia Mönchengladbach tapte 1-3 for Wolfsburg og ligger på 7.-plass, riktig nok bare to poeng bak Schalke på 4.-plass. Både Freiburg og Eintracht Frankfurt er plassert mellom dem.