Argentinas Christian Gonzalez fikk trøst av assistenttreneren etter tapet mot Ecuador. (Foto: AP/Scanpix)
Dermed må Argentina vente minst til onsdagens kamp mot Brasil før laget er VM-klare.
Tapet var det første for Argentinas landslags-trener Jose Pekerman siden han tok over for ni kamper siden.
Argentina fikk midtbane-spilleren Esteban Cambiasso utvist på overtid, og han må stå over onsdagens storkamp mot Brasil.
Innbytter avgjorde
Cristian Lara kom inn etter pause for Ecuador og scoret lagets første mål før han la opp til det andre.
Først skjøt han i mål fra kanten av sekstenmeteren 9 minutter ut i omgang, og på overtid la han inn til Agustin Delgado som headet inn 2-0.
Ecuador har tidligere i kvalifiseringen slått Brasil 1-0 på hjemmebane i Quito
Laget ligger nå på 3. plass i VM-kvalifiseringen i Sør-Amerika og er på god vei til sitt andre VM-sluttspill på rad.