Han kom inn i det 69. minutt på stillingen 1-0 til hjemmelaget Leverkusen, men brukte bare to minutter på å utligne.
I det 86. minutt ble han også matchvinner, og skaffet lagets hardt pressede trener Thomas Doll et lite pusterom.
Klubbsjef Bernd Hoffmann hadde krevd et klart signal gjennom lagets spill søndag, og det så lenge stygt ut etter at Andrej Voronin utnyttet en forsvarsblunder og ga hjemmelaget ledelsen rett før pause.
Snudde kampen
Guerrero vendte kampen i siste halvdel av annen omgang og sørget for lagets første seier siden begynnelsen av mai. Hamburg, som håpet å kjempe om seriegull denne sesongen, har også tapt alle sine mesterligakamper så langt.
Nurnberg og Frankfurt fortsetter poengdelingen
Nurnberg spilte 2-2 borte mot Eintracht Frankfurt i søndagens andre kamp, og dermed er begge lag fortsatt ubeseiret. Etter seks uavgjorte på rad er Nurnberg nå falt til femteplass, fire poeng bak serieleder Werder Bremen.
Eintracht Frankfurt fikk poengdeling for sjuende gang på åtte kamper og er helt nede på 12. plass.