Det ble avholdt et halvt minutts stillhet før start, og de 35.000 deltakerne stilte med svarte sørgebind.
Tre mennesker ble drept og om lag 180 skadd da to bomber eksploderte i målområdet for Boston maraton.
Det var 40 prosent flere politivakter i Londons gater enn normalt under maratonløpet, men folk lot seg ikke skremme.
Ifølge arrangøren var 700.000 mennesker ute i gatene for å følge løpet på en fin vårdag.
Ingen ny verdensrekord
Kebede tok sin annen seier i løpet, men han var ikke i nærheten av å innfri ambisjonen om å sette verdensrekord. 26-åringen løp inn til 2.06.04. Det er nesten to og et halvt minutt bak rekorden Patrick Makau satte i Berlin i 2011.
Kebede avgjorde løpet på den siste kilometeren og seiret foran kenyaneren Emmanuel Mutai (2.06.33) og landsmannen Ayele Abshero.
Britenes OL-helt Mo Farah, som vant 5000 og 10.000 meter i London-lekene, bidro til god fart fra start. Han ga seg som planlagt etter en time. Farah planlegger å prøve hele distansen neste år.
– Farten er ikke noe problem, det handler om å få i seg riktig drikke. Jeg rotet det til i dag. Jeg har ingen unnskyldning om jeg ikke får det til neste år, sa han.
Kolliderte med rullestolutøver
Jeptoo, som vant sølv i London-OL i fjor, vant kvinneklassen på 2.20.15 foran lagvenninnen Edna Kiplagat (2.21.32) og japanske Yukiko Akaba.
OL-mester Tiki Gelana fikk intet lykkelig gjensyn med London.
Hun kolliderte med rullestolutøveren Josh Cassidy ved en drikkepost 52 minutter ut i løpet og greide aldri å hente seg inn etter det.
Kurt Fearnley fra Australia vant mennenes rullestolklasse etter spurt mot sveitseren Marcel Hug.
Briten David Weir var ute etter sin sjuende tittel, men han ble bare nummer fem. Tatyana McFadden fra USA fulgte opp seieren i Boston med ny triumf i kvinnenes rullestolklasse. Hun satte også løyperekord.