Det var 22-åringens fjerde etappeseier i årets utgave av storrittet, og Saeco-rytteren trygget dermed sammenlagtledelsen når to etapper gjenstår.
18. etappe var 118 km lang og gikk mellom Cles og Bormio.
Cunego spurtet fra en liten gruppe ryttere 500 meter fra mål. Han kom fem sekunder foran landsmannen Dario Cioni, med ukrainske Serhiy Honchar på tredje.
Cunegos lagkamerat Gilberto Simoni kompå fjerdeplass, ni sekunder bak.
Sammenlagt leder Cunego med 1 minutt og 31 sekunder på Honchar, mens Simoni er 3:07 bak.
Lørdag venter den siste fjelletappen, over 121 km fra Bormio til Presolana, mens det hele rundes av i Milano søndag.
Resultater
18. etappe Giro d'Italia, 118 km fra Cles Val di Non til Bormio:
1. Damiano Cunego (Italy) Saeco 3:56:31
2. Dario Cioni (Italy) Fassa Bortolo five seconds behind
3. Serhiy Honchar (Ukraine) De Nardi same time
4. Gilberto Simoni (Italy) Saeco 10
5. Julio Perez Cuapio (Mexico) Ceramiche Panaria 18
6. Eddy Mazzoleni (Italy) Saeco 36
7. Juan Manuel Garate Cepa (Spain) Lampre same time
8. Yaroslav Popovych (Ukr) Landbouwkrediet 40
9. Wladimir Belli (Italy) Lampre
10. Andrea Noe' (Italy) Alessio-Bianchi both same time
Sammenlagt etter 18.etapper:
1. Damiano Cunego (Italy) Saeco 80:38:46
2. Serhiy Honchar (Ukraine) De Nardi 1:31
3. Gilberto Simoni (Italy) Saeco 3:07
4. Yaroslav Popovych (Ukraine) Landbouwkrediet 3:23
5. Dario Cioni (Italy) Fassa Bortolo
6. Wladimir Belli (Italy) Lampre both same time
7. Bradley McGee (Australia) FDJeux.com 5:24
8. Stefano Garzelli (Italy ) Vini Caldirola 6:45