Bjørndalen pådro seg to strafferunder og var 12,1 sekunder foran tsjekkiske Roman Dostal i mål.
Russiske Sergej Rotsjkov ble nummer tre, 14,1 sekunder bak Bjørndalen.
Bjørndalen ledet klart inn til siste skyting, men pådro seg en bom der.
Likevel ble det aldri spennende og at han ikke vant med mer enn 12,1 sekunder skyldtes at han tok det med ro inn mot mål.
God laginnsats
Emil Hegle Svendsen pådro seg to strafferunder og ble nummer fem.
Han var 37,1 sekunder bak Bjørndalen.
Også Stian Eckhoff bommet to ganger og endte på plassen bak Hegle Svendsen.
- Tre mann blant de seks beste er en fin måte å avslutte sesongen på, sa landslagstrener Roger Grubben til NRK.
Halvard Hanevold gikk inn til 20. plass etter tre strafferunder.
Frode Andresen brøt
En magesyk Frode Andresen brøt søndagens fellesstart i Holmenkollen etter første skyting.
Andresen sa til NRK at han ikke hadde spist annet enn en halv appelsin siden lørdag ettermiddag.
- Den kastet jeg opp på toppen av den første bakken, og jeg skjønte fort at det ikke var noe å hente, sa Andresen.