Studentene fra lærerskolen Ayotzinapa forsvant i september i byen Iguala i Guerrero.
Forsvinningen utløste kraftige reaksjoner i Mexico, der folk er grundig lei av narkovolden og korrupsjonen, og den utviklet seg til en alvorlig krise for den nye presidenten Enrique Peña Nieto.
Selv om alt har tydet på at studentene ble drept, er ikke den endelige bekreftelsen fra myndighetene kommet før nå.
Tirsdag uttalte riksadvokat Jesús Murillo Karam at de uten tvil var bortført, drept og brent, og at levningene deretter ble kastet i en elv.
– Trodde studenter var rivaler
Bare ett av de forkullede likene er identifisert, og Murillo sier at banden destruerte levningene så grundig at det neppe blir mulig å identifisere flere.
Studentene ble pågrepet av det lokale politiet på ordre fra borgermesteren i Iguala og deretter overlatt til narkokartellet Guerreros Unidos 26. september.
Myndighetene mener Iguala ville forhindre at studentene forstyrret en opptreden med kona Maria de los Angeles Pineda, men de finner det ikke bevist at borgermesteren ønsket studentene drept.
Etterforskningsleder Tomás Zerón de Lucio konkluderer med at en misforståelse trolig ligger bak drapsmotivet.
– De kriminelle trodde studentene var medlemmer av en rivaliserende gjeng som opererte i regionen. Det var grunnen til at de ble kidnappet og senere drept, sier de Lucio.
99 mennesker er hittil arrestert i saken, blant dem borgermesteren, hans kone og lederen for Guerreros Unidos.
Skal ha tilstått
Saken ble en tydelig illustrasjon på de nære forbindelsene mellom organisert kriminalitet og mange politikere over hele Mexico.
Riksadvokatens kontor sier at et medlem av Guerreros Unidos har tilstått at han fikk ordre fra en av sine sjefer om å likvidere de 43 studentene.
Minst 27.000 mennesker samlet seg mandag til en større protest i Mexico by for å markere at det var gått fire måneder siden studentene forsvant. «De tok dem i live, vi vil ha dem tilbake i live», ropte de.