26-åringen endte på 31.-plass og var den første som ikke kom seg til finalene senere fredag.
Pressetalsmann Otto Ulseth har ikke snakket med Northug etter rennet, men sier han tror det dreier seg om en «feilberegning».
– Det er klart at det var et litt overraskende resultat, ja, sier han til NRK.no.
En del av planen
Siden Northug ikke gikk videre, er han nå ute og trener for seg selv i stedet, opplyser Ulseth.
26-åringen er i full gang med forberedelsene til Vasaloppet, og har derfor store treningsmengder om dagen.
– Det har vært klart siden søndag at Petter skulle gå dette rennet. Det er en del av treningsplanen, sier Ulseth.
Slått av lillebror
Å komme seg videre etter prologen klarte derimot hans yngre bror, Tomas Northug.
– Best i familien? Ja, det skulle ikke så mye til i dag. Jeg aner ikke hva Petter driver med, sier Tomas Northug til Dagbladet.
Også under NM nylig leverte Northug overraskende svakt. Han ble nummer 40 på 15 kilometeren, over to minutter bak vinneren.
Northug deltar ikke under verdenscupløpene i russiske Rybinsk denne helgen.
Sindre Skar Bjørnstad var raskest i prologen. Northug kom 7,2 sekunder bak Bjørnstad.