En scoring med hælen av Dortmund-spiss Robert Lewandowski var det som skilte de to storlagene.
Avgjørelsen falt etter 76 minutters spill på Westfalenstadion da den polske landslagsspissen flikket et skuddforsøk fra Kevin Grosskreutz i nettet. Målet var Lewandowskis 20. for sesongen i Bundesliga.
Dermed har Borussia Dortmund seks poengs forsprang på erkerivalen når bare fire serierunder gjenstår.
Straffebom
Bayern München fikk flere kjempemuligheter til å utligne.
Først misbrukte Arjen Robben sjansen han fikk fra straffemerket seks minutter før full tid. Roman Weidenfeller reddet forsøket og en fortjent seier for vertene.
Dortmund har nå spilt hele 24 kamper uten å tape, noe som er klubbrekord for gultrøyene.
På overtid sviktet Robben igjen da han avsluttet over mål fra tre meter. Lewandowski fulgte opp med å treffe tverrliggeren med en chip over Manuel Neuer, men kampen ebbet ut med 1-0 for fjorårssesongens mesterlag.