Samtidig er en mann med omfattende brannskader fraktet til sykehus med helikopter fra samme område.
Det var en fotgjenger som tidlig fredag morgen støtte på den forbrente mannen i en skog i Börnicke og varslet politiet.
Vet ikke hva som har skjedd
Tysk politi vet ikke om det dreier seg om en ulykke eller en forbrytelse, og det er heller ikke klart om det dreier seg om dansker.
Politiet er verken sikre på identiteten til mannen eller de to omkomne barna. Ifølge Bild-Zeitung var barna ni og tolv år gamle.
Mannen som har fått omfattende brannskader, ligger på intensivavdelingen. Hans tilstand beskrives som stabil, skriver den danske avisen Jyllands-Posten.
Kan ha blitt utsatt for noe kriminelt
Politiet frykter at barna kan ha vært utsatt for noe kriminelt, men vet foreløpig lite om hendelsen.
Mannens alvorlige tilstand har gjort det vanskelig for politiet å avhøre ham, skriver Extra Bladet.
Politiet har sperret av et stort skogområde. Den utbrente bilen er på vei til å bli undersøkt av politiets teknikere, mens likene skal bli obdusert på lørdag, melder den danske avisen Politiken.
Lignende hendelse for to år siden
En lignende hendelse rystet Tyskland for to år siden, skriver det tyske nyhetsbyrået DPA.
24. august 2009 ble en utbrent bil funnet i Schönefeld, omtrent 20 kilometer sør for hovedstaden Berlin.
Inne i bilen lå likene til en kvinne og hennes tre barn i alderen seks til elleve år. Politiet konkluderte med at det dreide seg om selvmord.