Minst 17 kjøretøyer forlot IS-området onsdag, melder Aps reporter på stedet. Kvinnene var kledd i heldekkende nikaber, og én mann gikk med krykke. Også flere jenter hadde ansiktene tildekket.
Evakueringen hadde stanset noen dager, men er i gang igjen.
– Etter å ha prøvd i flere dager var vi nå i stand til å evakuere sivile igjen, sier Mustafa Bali, som er talsmann for De syriske demokratiske styrker, SDF.
FN opplyser at rundt 200 familier fortsatt skal oppholde seg i IS-kontrollert område.
Bali sier det er uklart om det også var IS-krigere i kjøretøyene. Dette skal ifølge ham bli klarlagt når passasjerene sjekkes. AFP-reportere på stedet observerte at grupper med IS-krigere som hadde overgitt seg, ble transportert bort av SDF-styrker.
I løpet av de siste ukene har flere tusen mennesker, flesteparten kvinner og barn, strømmet ut fra Baghouz, øst i Syria ved elva Eufrat, nær grensa mot Irak.
Kalifatet raknet
For noen år tilbake kontrollerte den ytterliggående sunniislamistiske gruppa IS store deler av Syria og Irak. Gruppas såkalte kalifat dekket et område på størrelse med Storbritannia med flere millioner innbyggere.
Her forsøkte IS å etablere et knallhardt, erkekonservativt islamistisk styre. Samtidig sto gruppa bak en rekke terrorangrep både i nærområdene og europeiske land.
Nå er imidlertid «kalifatet» redusert til en halv kvadratkilometer i landsbyen Baghouz.
Europeisk dilemma
Etter hvert som kalifatet har raknet, har IS-motstandere tatt til fange en rekke europeiske fremmedkrigere.
– Fremmedkrigere fra mange forskjellige land har overgitt seg i dag, sa SDF-talsmann, Adnan Afrin, til AFP onsdag. Han gikk ikke i detalj om hvilke land de kommer fra.
Flere europeiske land vurderer hva de skal gjøre med egne borgere som er tatt til fange etter å ha kjempet sammen med IS eller oppholdt seg i deres områder.
USAs president Donald Trump har oppfordret europeiske land til å hente ut IS-fangene slik at de kan straffeforfølges i hjemlandene.
Norge er ett av flere land som har avvist å aktivt hente IS-krigere hjem.