Årsaken skal være at den kristne mannen hadde planer om å gjøre om huset sitt til en kirke.
Det melder sikkerhetsmyndigheter i landet.
Kirkebygg provoserer
Den kristne mannen, som tilhører den koptiske kirke, skal ha provosert muslimene i den lille landsbyen Hawasliya ved å ville bygge om sitt fire etasjers-hus til en kirke.
Landsbyen ligger i nærheten av byen Minya.
Innbyggerne i landsbyen klaget mannen inn til myndighetene og mente at han ikke hadde tillatelse til en slik ombygging.
- Det hele kokte over etter fredagsbønnen, sier en talsmann til nyhetsbyrået AFP.
Kyr og sauer drept
Om lag 500 muslimer samlet seg utenfor huset til den kristne mannen for å demonstrere og forsøkte også å tenne på huset. Politiet klarte å forhindre brannpåsettelsen.
De demonstrerende muslimene klarte likevel å sette fyr på noen nærliggende stallbygninger eid av kristne mennesker. I alt seks dyr, blant dem kyr og sauer, døde i brannene.
Tåregass
Politiet brukte tåregass for å spre folkemengden, og arresterte rundt 20 av de demonstrerende muslimene.
Egypts offisielle religion er islam, men den koptiske kirken er det kristne samfunnet i Midtøsten. Av egypts 80 millioner innbyggere, regnes om lag 10 prosent av disse som tilhengere av den koptiske kirke.
Tidligere sammenstøt
I juni ble 18 personer skadd i sammenstøt mellom kristne og muslimer. Sammenstøtet skjedde i en landsby sør for Kairo, og årsaken skal ha vært at en prest tilhørende den koptiske kirke, holdt en gudstjeneste i sitt eget hjem.
35 mennesker ble arrestert etter hendelsen.