Umar Patek ble pågrepet i Pakistan tirsdag, opplyser en indonesisk sikkerhetskilde som vil være anonym.
Pakistanske myndigheter har ikke kommentert den påståtte pågripelsen og det er ikke kjent hvor eller hvordan den skjedde.
Indonesisk etterretning har jaktet på Patek i årevis og USA har utlovet en belønning på 1 million dollar for opplysninger som kan føre til pågripelse av 40-åringen.
Sprengte to nattklubber
Patek skal ha vært en sentral skikkelse i den islamistiske gruppen Jemaah Islamiyah og skal ha vært sentral i koordineringen av de tre bombene som kostet 202 mennesker livet på den populære ferieøya Bali i oktober 2002.
88 australiere ble drept i terroraksjonen, sammen med turister fra over 20 andre land. 38 indonesere ble også drept av bombene, som var rettet mot to nattklubber og det amerikanske konsulatet.
Indonesiske myndigheter antok at Patek har skjult seg på Filippinene. Flere andre involverte ble pågrepet, dømt til døden og henrettet i 2008, en sitter i amerikansk fangenskap og en ble drept i skuddveksling med politiet på en kafe i Jakarta i mars 2010.