Hirata har vært på rømmen siden nervegass-angrepet på T-banen i Tokyo i 1995 der 13 mennesker ble drept.
46 år gamle Hirata er ikke ettersøkt for nervegass-angrepet, men for kidnapping av broren til et medlem av sekten i 1995.
Mannen er anklaget for å ha kidnappet døde etter å ha blitt gitt en injeksjon i Aums hovedkvarter ved foten av Mount Fuji.
13 dømt til døden
13 medlemmer av Aum Shinrikito er dømt til døden og venter på å bli henrettet for sine roller i nervegassangrepet.
- Les også:
Totalt er nesten 200 medlemmer av sekten dømt for sine roller i det angrepet og andre forbrytelser, skriver BBC.
Etter at Hirata ble tatt er det nå bare to sektmedlemmer som er på rømmen fra politiet.
Startet av yogalærer
Dommedagssekten Aum Shinrikyo ble opprettet av Shoko Asahara midt på 1980-tallet.
Til å begynne med representerte sekten en blanding av hinduisme og buddhisme, men utviklet seg etter hvert til en paranoid dommedagssekt.
Da gruppen angrep tunnelbanen i Tokyo med nervegass i 1995 skal den ha hatt flere tusen medlemmer, blant dem flere rike og mektige personer i det japanske samfunnet.