Lobo, med kallenavnet Pepe, erklærte seg som vinner av valget søndag etter at de foreløpige resultatene viste at han hadde fått 56 prosent av stemmene.
Lobos utfordrer, Elvin Santos, har innrømmet valgnederlaget.
USA kommer trolig til å anerkjenne valget, hvor honduranerne både skulle peke ut ny president og kandidater til nasjonalforsamlingen.
Brasil, Argentina og Venezuela mener imidlertid at valget er ugyldig, siden det støttes av det sittende kuppregimet i Honduras.
Den brasilianske presidenten Luiz Inacio Lula da Silva fordømte valget søndag og sa at det øker faren for nye kupp i Latin-Amerika.
Ba om boikott
Lula er dessuten bekymret for at valget vil gjøre det enda vanskeligere for den styrtede presidenten Manuel Zelaya å komme til makten igjen.
Han ble fjernet fra makten i sommer og oppholder seg i dag i Brasils ambassade i Honduras hovedstad Tegucigalpa.
– Som president av Honduras erklærer jeg denne prosessen for ugyldig, sa Zelaya etter at valglokalene stengte søndag.
Zelaya har bedt sine støttespillere om å boikotte valget, og det knytter seg stor spenning til hvor stort oppmøtet blir. Valgkampen til de ulike kandidatene har til tider blitt overskygget av debatten om hvorvidt det var riktig å avgi stemme i det hele tatt.
Les også:
Politi og soldater
Rundt 30.000 soldater og politifolk var utkommandert i gatene for å hindre oppstand og demonstrasjoner under stemmegivningen søndag.
Les:
Flere menneskerettighetsgrupper har beskrevet en atmosfære av frykt og trakassering, og flere personer skal ha blitt drept.
Sikkerhetsstyrkene har slått hardt ned på demonstrasjoner til støtte for Zelaya, og flere TV-stasjoner som er positive til den styrtede presidenten, er blitt stengt i forkant av valget.
Deltok ikke
I likhet med Zelaya har også Roberto Micheletti, som har ledet Honduras etter kuppet, unnlatt å delta i presidentvalget.
Les:
I stedet har Porfirio Lobo fra Nasjonalistpartiet kjempet mot Det liberale partiets kandidat Elvin Santos. Han var tidligere visepresident i Zelayas regjering.
Begge partiene tilhører den herskende eliten i Honduras som i årevis har byttet på å ha makten.
Les også: