Tiltalen er et forsøk på å presse Japan til å utlevere Fujimori.
Den tidligere presidenten flyktet til Japan i november i fjor etter å ha blitt tatt for korrupsjon.
Japan har avslått tidligere krav om utlevering, og viser til at Fujimori også har japansk statsborgerskap og derfor ikke kan utleveres.
Knyttes til massakrer
En regjeringsoppnevnt kommisjon i Peru har knyttet Fujimori til massakren på 15 sivile i Barrio Altos i 1991, og ni
universitetsstudenter og en professor i La Cantuta året etter. Massakrene ble utført av en spesialenhet fra hæren.
Kommisjonen konkluderer med at Fujimori ikke bare kjente til at hæren hadde en dødsskvadron som gikk under tilnavnet Colina, men også godkjente operasjonene deres på forhånd.
På bakgrunn av rapporten vedtok en enstemmig kongress i går kveld å reise tiltale for folkemord mot Fujimori.
Fra før av er han tiltalt for en rekke tilfeller av korrupsjon.