Ytterligere 23 mennesker mistet livet, deriblant presidentens rådgiver Justin Jak og en tidligere minister.
Forsvarsministeren hadde deltatt på en SPLM-konferanse, og flyet var på vei fra Wau til regionhovedstaden Juba da dett styrtet rundt 375 kilometer vest for Juba.
Visepresidenten i landet, Riek Machar, utelukker at flyet kan ha vært utsatt for en angrepet, men sier at flystyrten vil bli etterforsket.
- Piloten meldte om problemer
En lokal radiostasjon forteller at piloten meldte fra om motorproblemer like før flyet gikk i bakken. Noen minutter senere mistet kontrolltårnet all kontakt med flyet.
Ulykken skjer på et tidspunkt da fredsavtalen mellom Nord- og Sør-Sudan er truet, blant annet av uenigheter om rettighetene til naturrusserser.
Norge arrangerer giverlandskonferanse for Sudan i Oslo neste uke. Sør-Sudans president Salva Kiir, som også er visepresident i Sudan, skal delta på konferansen.
- Ingen politiske konsekvenser
NRKs tidligere medarbeider Tomm Kristiansen er rådgiver for Sør-Sudans president. Han frykter ikke at ulykken skal få politiske konsekvenser.
- Vi får avvente undersøkelser, men slik jeg ser det, er dette en tragisk ulykke som kunne ha skjedd hvor som helst. Dette har ingenting med fredsavtalen å gjøre, sier Kristiansen til nrknyheter.no.
Han understreker at han ikke kjente til ulykken før NRK snakket med ham.