Forsvarsministeren sa den gangen at det ikke burde skje.
Det er lederen for USAs anti-terrorsenter Christopher Miller som tar over som fungerende forsvarsminister.
Det opplyser Trump i en Twitter-melding mandag. Skiftet skjer med umiddelbar virkning.
Det har gått rykter om at Esper kunne bli sparket. Det skriver både Fox News og CNN. Avskjeden kommer fem måneder etter at Esper protesterte mot Trumps trusler om å bruke en opprørslov for å bekjempe voldelige protester.
De pågikk i flere byer etter at George Floyd, en svart mann fra Minneapolis, døde da han ble pågrepet av en politimann i Minneapolis.
Opprørslov er kontroversiell
«The Insurrection Act» gjør det mulig for presidenten å sette inn yrkesmilitære eller Nasjonalgarden mot opptøyer og sosial uro. Den har blitt brukt 22 ganger i USAs historie, ifølge Wikipedia.
– Vi er ikke i en slik situasjon nå. Jeg støtter ikke bruk av loven, sa Esper.
Loven er ikke brukt siden 1992 da president George H.W. Bush brukte den mot opptøyer i Los Angeles.
Trump kritiserte ledelsen av Forsvarsdepartementet i september. Han sa at lederne der forsøkte å trekke USA inn i nye kriger for å øke profitten til forsvarsindustrien i USA, skriver CNN. Esper skal da ha ringt Det hvite hus for å protestere.
En talsmann for presidenten gikk ut på TV i et forsøk på å tone ned Trumps anklager.
Esper (56) har vært forsvarsminister siden juni 2019. Tidligere hadde han stillingen som minister for hæren. Esper har bakgrunn som offiser og lobbyist for forsvarsindustrien.
Espers forgjenger var James Mattis som forlot stillingen som forsvarsminister i protest mot at Trump trakk soldater ut av Syria, noe som blant annet svekket USAs kurdiske allierte.