BBC innrømmer i et brev til den israelske regjering at selskapet brøt reglene da det ikke lot israelske militære sensurmyndigheter gå gjennom intervjuet før det ble offentliggjort, skriver avisen The Guardian.
Mordechai Vanunu.(Arkivfoto)
Unnskyldningen er skrevet av en av BBCs korrespondenter i Jerusalem, Simon Wilson, som ble utvist fra Israel etter at intervjuet gikk på lufta.
Wilson fikk lov til å komme tilbake til Israel torsdag etter at han sendte unnskyldningen til den israelske regjeringen.
Irriterte journalister
Unnskyldningen har irritert andre BBC-journalister som sier at de heretter ikke kan operere fritt i den jødiske staten, skriver The Guardian.
Avtalen om en unnskyldning skal ha blitt hemmeligstemplet, men ble likevel lagt ut på BBCs nettsider, der den lå i flere timer før den ble fjernet.
Mordechai Vanunu ble løslatt fra israelsk fengsel i fjor vår etter å ha sonet ferdig en dom på 18 år for å ha bekreftet deler av Israels atombombeprogram i 1986.
Selv om straffen er sonet ferdig, har han fått forbud av israelske myndigheter mot å forlate landet eller snakke med utenlandske journalister.
Han har bosatt seg i det palestinsk Øst-Jerusalem som ble okkupert av Israel i 1967 og senere innlemmet i Israel.
Alle utenlandske journalister som opererer i Israel, må undertegne en avtale om at stoffet deres skal sensureres, men det blir et tolkningsspørsmål om Øst-Jerusalem og de øvrige okkuperte områdene skal omfattes av de israelske militære sensurreglene.
Krav fra Sharon
Det var statsminister Ariel Sharons eget kontor som krevde en unnskyldning da intervjuet ble sendt i fjor. Da BBC først avslo, nektet Israel å forlenge Wilsons oppholdstillatelse.
Nå har BBC gjort helomvending og akseptert kravet om en skriftlig unnskyldning.
De militære sensurreglene har i alle år begrenset virksomheten til vestlige journalister i Israel. Det offisielle formålet med sensuren er at den skal bidra til å trygge landets sikkerhet.