De tre islamistene ble pågrepet på øya Basilan, et kjent tilholdssted for ekstremister, etter omfattende etterretningsarbeid, opplyser politiet i en kunngjøring søndag.
Under aksjonen beslagla politiet også to motorsykler, hvorav den ene hadde store mengder sprengstoff festet til seg. Også flere håndvåpen ble beslaglagt.
Ifølge politiet planla de tre Abu Sayyaf-medlemmene å detonere bomben i et tettbefolket område.
Abu Sayyaf er tilknyttet al-Qaidas terrornettverk og har stått bak en rekke terroraksjoner på Filippinene. Blant annet angrepet på en passasjerferje i 2004, der 116 personer ble drept.